Big Boss, auch bekannt als Venom Snake, ein Söldner, der Rache sucht an denen, die ihn verrieten und ihn dem Tod überließen: eine Gruppe angeführt von Skull Face, die eine biologische Waffe namens Sprachparasiten einsetzen will. Es ist das Jahr 1984, während des Kalten Krieges, Snake baut seine Militärorganisation, die "Diamond Dogs", wieder auf.